結論からお伝えすると、NISA口座で売却して生じた損失は、特定口座や一般口座の利益・配当と損益通算できません。翌年以後3年間の繰越控除にも使えません。NISAは利益が非課税になる一方、損失は税務上「ないもの」と扱われるためです。
これに対して、特定口座などの課税口座で生じた上場株式等の売却損は、一定の要件を満たせば、課税口座の売却益や申告分離課税を選んだ上場株式等の配当等と通算できます。通算しきれない損失は、確定申告を続けることで翌年以後3年間の繰越控除が可能です。
年末前に大切なのは、含み損を見つけて急いで売ることではありません。まず「どの口座で」「すでに確定した損益はいくらか」を分け、必要な手続があるかを確認します。NISAの枠そのものを確認したい方は、新NISAの非課税枠・対象商品・始める前の注意点も合わせてご覧ください。
NISAと特定口座では損失の扱いが違う
同じ商品を同じ金額で売却しても、保有していた口座によって税務上の扱いは異なります。
| 確認項目 | NISA口座 | 特定口座などの課税口座 |
|---|---|---|
| 売却益 | 非課税 | 原則として課税 |
| 売却損 | 税務上ないものとされる | 一定の範囲で損益通算の対象 |
| 他口座の利益との通算 | できない | 確定申告で可能な場合がある |
| 配当等との通算 | NISAの損失は使えない | 申告分離課税などの要件あり |
| 損失の繰越 | できない | 確定申告により翌年以後3年間可能 |
| 口座内の自動計算 | 対象外 | 源泉徴収ありの特定口座では同一口座内で行われる場合がある |
国税庁によると、源泉徴収ありの特定口座に上場株式等の配当等を受け入れている場合、同じ口座内の譲渡損失と配当等は金融機関が計算し、原則として確定申告をせずに課税関係を終えられます。ただし、別の証券会社の利益と損失を通算する場合や、残った損失を繰り越す場合は確定申告が必要です。
なお、上場株式等の損失なら何にでも使えるわけではありません。給与所得や事業所得との通算はできず、一般株式等との通算にも制限があります。この記事では一般的な上場株式や公募株式投資信託を想定しています。
3つの具体例で比べる
例1｜NISAで30万円の損失、特定口座で40万円の利益
NISAの損失30万円は税務上ないものとされます。したがって、特定口座の利益40万円から差し引いて10万円にすることはできません。源泉徴収ありの特定口座なら、利益40万円を基に税金が計算されます。
経済的には資産全体で差し引き10万円のプラスでも、税務上は口座をまたいで同じ計算にはなりません。この違いが「NISAは利益が出たときに有利だが、損失に税務上の救済がない」といわれる理由です。
例2｜二つの課税口座で40万円の利益と30万円の損失
どちらも損益通算の対象となる上場株式等であれば、確定申告によって差し引き10万円の利益として計算できる場合があります。同じ源泉徴収ありの特定口座内なら、証券会社が年間の売買損益を計算します。別の証券会社に分かれている場合は、自動では合算されません。
実際の売却と税引後金額の見方は、特定口座から売却してNISAで買い直した記録で具体的な数字を確認できます。ただし、買い直しが有利とは限らず、税金、価格変動、NISA枠を含めて判断する必要があります。
例3｜NISAで40万円の利益、課税口座で30万円の損失
NISAの利益40万円は非課税です。一方、課税口座の損失30万円をNISAの利益と相殺することはできません。課税口座の損失は、同年の別の課税口座の利益や、要件を満たす上場株式等の配当等があれば通算を検討します。通算後も損失が残る場合は、繰越控除の手続を確認します。
「含み損」と「確定した損失」を分ける
証券会社の画面で評価損が表示されていても、保有中の含み損は、その時点では売却損として確定していません。年末の税務確認で見るのは、原則としてその年に売却して確定した損益です。
ただし、税金を減らす目的だけで売却するのは慎重に考えます。売った直後に値上がりする可能性、買い戻すまでの価格差、手数料、投資信託の換金日数などがあり、税額だけを見ても投資全体の結果は分かりません。特にNISAの含み損は、売却しても損益通算に使えないため、「年内に損を確定すれば節税できる」という考えは当てはまりません。
筆者は、インデックス投資を老後資金づくり、個別株を目の前の生活を豊かにする配当金づくりとして分けています。本稿は年末に売買をする実践報告ではなく、目的の違う資産を税金だけで動かさないための確認方法を整理したものです。保有割合を見直す場合は、投資信託を年1回確認するリバランス手順も参考にしてください。
年末前に行う7つの確認手順
1．口座を一覧にする
NISA、2023年までの旧NISA、特定口座（源泉徴収あり・なし）、一般口座を分けます。証券会社が複数ある場合は会社ごとに書き出します。家計全体の増減と税務上の損益は別なので、まず口座の箱を分けることが出発点です。
2．評価損益と実現損益を分ける
保有商品の評価損益ではなく、その年の売却で確定した譲渡損益を確認します。証券会社の「譲渡損益」「実現損益」などの画面を使い、受渡代金や入出金額だけで判断しません。
3．課税口座の年間損益を証券会社ごとに確認する
同じ源泉徴収ありの特定口座では年間を通じて計算されますが、証券会社をまたぐ損益は自動では合算されません。年末時点では画面上の見込みを確認し、年明けに交付される特定口座年間取引報告書で最終確認します。
数字を保存するときは、確認日と証券会社名も一緒に記録すると、年明けの年間取引報告書との照合がしやすくなります。
4．配当等の受取口座も確認する
源泉徴収ありの特定口座に受け入れた配当等は、同一口座内の譲渡損失との通算対象になる場合があります。口座へ受け入れていない配当や、申告方法が異なる配当は扱いが変わるため、売買損益だけで結論を出しません。税引前・税引後・実際の受取額の違いは、年間配当見込みと受取実績を分ける計算方法で整理しています。
5．確定申告を検討する理由を整理する
複数の課税口座を通算したい、課税口座の損失を翌年以後へ繰り越したい、上場株式等の損失と一定の配当等を通算したい場合は、確定申告の要否を確認します。繰越控除には、損失が生じた年の申告に加え、その後も連続して所定の書類を付けた確定申告が必要です。NISAの損失は申告しても通算・繰越の対象にはなりません。
6．2022年に買った旧一般NISAを確認する
2022年分の旧一般NISAは、2026年末で5年間の非課税保有期間が終わります。保有を続ける場合は課税口座へ移り、移管時の時価が課税口座での新しい取得価額になります。2024年からのNISAへそのまま移すことはできません。
これは「年末までに必ず売るべき」という意味ではありません。売る、課税口座で持ち続けるなどを、今後の保有目的とリスクから考えます。対象となる購入年、移管先、金融機関ごとの手続期限を証券会社で確認してください。
7．取引期限と相談先を確認する
年内扱いとなる最終取引日は、商品、市場、注文方法、受渡日などで異なります。最終日に間に合わせようとせず、利用中の証券会社の案内を確認します。税務判断に迷う場合は国税庁・税務署または税理士、商品や口座の操作は証券会社へ問い合わせます。
よくある質問
NISAの損失を給与所得から差し引けますか
できません。NISAの損失は税務上ないものとされます。また、課税口座の上場株式等の譲渡損失も、原則として給与所得との損益通算はできません。
NISAで損失が出た商品は売らない方がよいですか
損益通算できないことだけで保有継続を決める必要はありません。使う時期が来た、投資目的から外れた、家計の安全を優先するなど、税金以外の理由で売却が必要な場合もあります。反対に、年末だからという理由だけで売る必要もありません。
特定口座（源泉徴収あり）なら確定申告は一切不要ですか
同一口座内で納税が完結し、申告不要にできるのが基本です。ただし、他の証券会社との損益通算や3年間の繰越控除を利用するなら確定申告が必要です。申告による他制度への影響は個人差があるため、自分の状況で確認します。
今年のNISA商品を売れば、今年の投資枠が戻りますか
戻りません。2024年からのNISAでは、売却した商品の簿価分の非課税保有限度額を翌年以後に再利用できますが、その年に使った年間投資枠が同じ年に復活するわけではありません。
損失の繰越控除は、利益が出た年だけ申告すればよいですか
いいえ。課税口座の損失を繰り越すには、損失が生じた年に所定の書類を付けて申告し、その後も連続して確定申告を行う必要があります。取引がない年の扱いを含め、国税庁の案内を確認してください。
年末前チェックリスト
- NISA、旧NISA、特定口座、一般口座を分けた
- 含み損益と売却済みの実現損益を分けた
- 証券会社ごとの年間損益と源泉徴収区分を確認した
- 配当等の金額と受取口座を確認した
- 複数口座の通算や損失繰越が必要か整理した
- 2022年分の旧一般NISAの保有状況を確認した
- 税金だけで売買を急がず、目的と必要時期を確認した
- 不明点の相談先と証券会社の年末日程を確認した
参考にした公的一次情報
- 国税庁「NISA制度」
- 国税庁「上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」
- 国税庁「特定口座制度」
- 国税庁「損益通算」
- 金融庁「NISAを知る」
- 日本証券業協会「NISAのよくある質問」
- 日本証券業協会「2023年以前にNISA口座で購入されたお客様へ」
まとめ｜NISAの損失は税務上の通算対象にしない
NISAは利益が非課税になる代わりに、損失を特定口座の利益や配当等と通算できず、3年間の繰越控除も利用できません。年末前は、NISAの含み損だけを見て売買を考えるのではなく、課税口座の実現損益、配当、証券会社の数、旧一般NISAの期限を順に確認します。
節税だけを目的に投資方針を変えると、価格変動や手数料、必要なNISA枠を見落とすことがあります。税務上の損益と家計全体の損益を分け、売買の理由を後から説明できる状態にしておくことが大切です。
ご注意
本記事は2026年10月10日時点の公的情報に基づく一般的な制度解説であり、個別の税務相談、投資助言、特定商品の売買推奨ではありません。税制・制度・金融機関の取扱いは変更される場合があり、投資には元本割れの可能性があります。実際の申告や取引は最新の公式情報を確認し、必要に応じて税務署・税理士・利用中の金融機関へ相談したうえで、ご自身の状況と責任に基づいて判断してください。
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